Το γυναικείο πρωτάθλημα πόλο έχει μόλις είκοσι χρόνια ζωής στη χώρα μας. Μέσα σε αυτά, ο Εθνικός έχει κατακτήσει τρία πρωταθλήματα Ελλάδας (1988, 1990, 1992), ενώ από το 1999 που δημιουργήθηκε η Α1 εθνική κατηγορία δεν κατέστη δυνατό να σπάσει τη κυριαρχία της Γλυφάδας και της Βουλιαγμένης. Η γυναικεία ομάδα του Εθνικού επίσης τροφοδοτεί συνεχώς με αθλήτριες την εθνική ομάδα, θεωρείται μια από τις 4 μεγάλες δυνάμεις της χώρας στη γυναικεία υδατοσφαίριση, και εκπροσωπεί σχεδόν κάθε χρόνο τη χώρα στις διεθνείς διοργανώσεις σε συλλογικό επίπεδο, έχοντας να επιδείξει σημαντικές νίκες και διακρίσεις (προημιτελικά Ευρωπαικού κυπέλλου).